اكنون امام باقر (ع) در زمانى كه افزون بر نيم قرن از رحلت رسول اكرم (ص) گذشته و تنشهاى فكرى و عقيدتى، شدت بيشترى يافته است، مجال مى‏يابد تا با تشكيل حوزه عظيم درسى به تصحيح انديشه‏ها بپردازد.

مبارزه با انديشه خوارج

خوارج گر چه پس از جنگ نهروان به شدت تضعيف شدند، ولى با گذشت زمان به تجديد قوا پرداخته و هوا دارانى يافته و بعدها به شورشها و حركتهاى اجتماعى دامن زدند.

يكى از ميدانهاى رويارويى امام باقر (ع) با انديشه‏هاى منحرف، موضعگيريها و روشنگريهاى آن حضرت در رويارويى با عقايد و مشى خوارج بود.

امام باقر (ع) در برخى از تعاليم خود مى‏فرمود: به اين گروه مارقه ⁽¹⁾ بايد گفت: چرا از على (ع) جدا شديد، با اين كه شما مدتها سر در فرمان او داشتيد و در ركابش جنگيديد و نصرت و يارى وى زمينه تقرب شما را به خداوند، فراهم مى‏آورد.

آنها خواهند گفت: امير المؤمنين (ع) در دين خدا حكم كرده است (يعنى در جنگ با معاويه حكميت را پذيرفته است در حالى كه نمى‏بايست شرعا حكميت را بپذيرد) .

به آنان بايد گفت: خداوند در شريعت پيامبر حكميت را پذيرفته و آن را به دو مرد از بندگانش وانهاده است.آنجا كه فرموده:

فابعثوا حكما من اهله و حكما من اهلها ان يريدا اصلاحا يوفق الله بينهما ⁽²⁾